自凈化藥品柜的作業很大一部分要得益于內部的過濾器，這這種過濾又分為粉塵過濾和溶劑過濾兩類，首先柜內空氣先通過粉塵過濾將空氣中粉末類灰塵和化學品過濾，其次，通過活性炭分子過濾器過濾液體分子。針對超凈室，還要裝備HEAP粒子過濾器，以保證碳粉等顆粒物進入試驗室損壞潔凈環境。
這些進程聽起來似乎很復雜，其實簡略地說即是，將藥品柜內部揮發性和腐蝕性化學藥品散宣布的有毒有害氣體進行吸收并凈化，然后能夠再次進入空氣中進行再循環，以到達凈化空氣、保護環境的意圖。
自凈化藥品柜存放藥品的方法和要求：
首先需要列明在藥品柜里需存放的所有化學品。因為活性炭過濾器并非吸附所有的化學品，所以我們首先要判定我們要存儲的化學藥品是否有效被過濾。
其次要確認每種化學品的安全特性。用戶通過MSDS（化學品安全技術說明書），可以在藥品柜中安全貯存化學品。
再次通過不兼容表判斷是否有不兼容的化學品。藥品柜中間設有隔板，不兼容的化學品可以分開存放。然后確保標貼擺放到位。一、任何化學品一定要有化學品標簽；二、擺放化學品時標簽應朝外，用戶可以直接看到化學品標簽。
為了確保自凈化藥品柜能夠可靠安全的運行，避免存儲的藥品被污物污染，必須清潔維護藥品柜，在清潔時可先用肥皂水清洗，然后再用干凈的水沖洗干凈。
在選用選用柔軟的沒有摩擦性的毛巾擦拭干凈，或者使用PH值有中性的產品清潔，再用無腐蝕性的軟布擦干，另外我們還要隨時注意檢查金部件有無腐蝕現象，檢查層板上是否有液體滯留，如果有需要等層板也進行清理。
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